La carte archéologique de Pontaubault présente 7 entités archéologiques enregistrées. A l’exception de l’église d’origine médiévale (XIe siècle) restaurée au XIXe siècle, les occupations observées sur la commune appartiennent au paléolithique, à l’âge de Bronze et à la période gallo-romaine. La majeure partie des vestiges a été remarquée au cours du XIXe et au début du XXe siècle. En matière d’investigations archéologiques, il est intéressant de préciser que l’Avranchin est un secteur peu connu, à l’exception de la ville d’Avranches.
Les vestiges les plus anciens sont datés du paléolithique. Ils consistaient entre autres en des ossements de faune du pléistocène (ossements de cheval et deux crânes d’aurochs avec leurs cornes). Ces restes gisaient à 2.50 - 3 mètres en contrebas de la Sélune. Une hache à douille avec bourrelets en bronze a également été remarquée sur la commune (indice d’occupation de l’âge de Bronze dans le secteur).
Si d’un point de vue archéologique, la période gauloise n’était représentée sur la commune, d’un point de vue historique nous savons que l’Avranchin était le territoire des Abrincates (« gens des Abers » (guerriers des estuaires)) dont l’oppidum principal, connu au IXe siècle avant J.-C., était Ingena qui prendra ensuite le nom d’Avranches à l’époque de la réorganisation de la gaule en cités romaines. La période gallo-romaine reste la plus marquée par les découvertes archéologiques. La commune de Pontaubault fût traversée par la voie romaine allant de Cosedia (Coutances) à Condate (Rennes), passant par Legedia (Avranches). Si son tracé exact est encore à découvrir de part et d’autre de la commune, on sait qu’au lieu dit « les Fontenelles », une portion de cette dernière fût localisée. En empruntant cette voie on se devait de traverser un gué pour franchir la Sélune. Deux secteurs de la commune, à proximité du fleuve côtier, ont fait l’objet de découvertes antiques. Le premier se trouve au sud du viaduc, mentionné précédemment pour la découverte des vestiges d’une occupation paléolithique. Lors de la construction du pont de chemin de fer à la fin du XIXe siècle, fers de lance, étriers de cavaliers romains et monnaies gallo-romaine (César, Auguste, …) furent mis à jour. Le second secteur ayant fait l’objet de découvertes antiques près de la Sélune se localise à 250 m à l’est du viaduc. Au cours de la construction du pont routier (contemporain à la construction du pont de la voie de chemin de fer), un dépôt monétaire de 300 à 400 monnaies fut exhumé. Ces monnaies couvraient une période allant d’Agrippa à Vespasien.
Une autre entité attribuée à la période gallo-romaine fût observée en 1992 lors d’une prospection aérienne au lieu dit le « V ». Le survol des parcelles a permis de mettre en évidence la probable existence d’un édifice gallo-romain dont les substructions seraient conservées.
Sur la totalité de l’emprise des fouilles réalisées en août 2011 dans le secteur de « la Motaisière », 26 tranchées ont été réalisées et 247 structures ont été mises en évidence. Seule une tranchée s’est avérée vierge de tous vestiges. Si la densité des vestiges ne fait aucun doute, la problématique majeure du site est la faible quantité de mobiliers découverts, notamment le mobilier datant à l’image de la céramique. Toutefois, le faible lot de mobilier mis en évidence permet d’attester que nous sommes en présence d’un site ayant connu diverses occupations anciennes allant de la période protohistorique à la période moderne. Les périodes protohistorique et gallo-romaine semblent toutefois les plus représentées. La céramique rencontrée atteste l’existence d’un réseau fossoyé datant de l’âge de fer, puis réaménagé ou modifié au cours de la période gallo-romaine. A la lecture de ce réseau, il apparaît que la période protohistorique est marquée par deux phases d’occupations, au vu du recoupement des fossés. Elle se caractérise également par l’existence d’un enclos fossoyé, au centre de l’emprise de diagnostic, renfermant un grand nombre de structures de types trous de poteau et fosses. Enclos, lui- même scindé à l’intérieur par l’emploi de petits fossés. Dans le cadre de ce diagnostic, on est en présence d’une partie de cet enclos. Au cours de la période gallo-romaine, un nouveau réseau fossoyé semble se déployer, sans pour autant laisser pour compte le réseau existant. Si certaines structures ou secteurs ont pu être définis comme appartenant à l’une ou à l’autre de ces périodes, un grand nombre de vestiges attendent de se voir attribuer une appartenance chrono-culturelle, faute de mobilier datant sur les secteurs sondés.